肿瘤表达差异基因分析有哪些好用的工具

部分内容参考小张聊科研

给大家分享一款很好用的带有图形界面的基因富集分析工具GSEA!

简单来说,GSEA可以帮助你把成百上千万的差异基因结果富集起来,并且将其与明确的生物学通路衔接!在这个过程中,你不需要去指定差异的阈值,一切都会由程序根据具体情况进行调整。

GSEA又叫基因集富集分析(GeneSetEnrichmentAnalysis,GSEA),其基本思想是使用预定义的基因集,然后将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然后检验预定义的基因集合是否在这个排序表的顶部或者底部富集。

GSEA是个图形化操作的软件(对于广大实验狗来说是不是福音?),并且能够给出大量非常专业的分析图表(比如像下面这样):

一般的差异分析(GO/Pathway)侧重于比较两组间的基因表达差异,集中







































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